神农隐退后，他的从神夸父和刑天认为是轩辕逼走神农，心生怨恨，反出部落，投靠蚩尤，并煽动蚩尤与轩辕征战。

蚩尤与轩辕战于涿鹿，此间入世修行的诸神、魔怪也卷入战争，最终，蚩尤战败被俘。

刑天作为罪魁祸首被轩辕斩首，刑天死后不甘，以乳为目，以脐为口，舞干戚仍要与轩辕一战。轩辕感其义勇，不忍将其彻底抹杀，立伏魔阵于常羊山，困住刑天。

而另一边的夸父却遇到了朱雀的从神金乌大将，二人棋逢对手，连战数日。

当夸父得知蚩尤、刑天全部伏诛后，自觉大势已去，不愿与金乌恋战，败阵而逃。

途中正遇到蚩尤怀孕的妻子和两个侍女，随手将她们救去，逃至极北之地。夸父自此不敢以真名示人，对外化名尤弥尔。

而蚩尤妻子也生下一个孩子，这个孩子慢慢长大。他以少主人的名义吩咐夸父，偷偷到九州捉一些人回来，自己要在这独立称王。

夸父起初还听从命令，这方领域也开始初具规模。可那孩子到了二十几岁，越发索取无度，最终夸父忍无可忍，将孩子斩杀并霸占了蚩尤妻子。

这时，这孩子娶的妻子也已然怀孕，蚩尤妻子偷偷掩护儿媳逃脱在外，又生下一子。

灵魂被囚多年的蚩尤感应到儿子被杀，又得知自己有了孙子，将来也难以逃脱被杀的命运。为了挽救后世，终于向轩辕服输。

蚩尤恳请轩辕，待到自己孙子长大后，引刑天之魂魄，投生为自己的玄孙，杀夸父报杀子夺妻之仇。

此时轩辕在太上指引下，已知道自己和蚩尤本是同源，见蚩尤悔过，自然答应。引刑天之魂降生为奥丁，后斩杀夸父报仇。

在当初轩辕和蚩尤争斗期间，天上诸神纷纷下界，西王母领从神九天玄女临凡，助轩辕争帝。

此间，西王母凡心大动，竟与轩辕次子张挥私生情愫，暗通曲款，生下一子张玉皇。

太元圣母得知西王母私自插手人间之事，上表帝夋，将其贬出仙班，于昆仑山面壁思过。但对其子张玉皇却甚是溺爱，授其仙法神通，封玉皇大帝，顶替其母，位列六御之中。

而此时东皇太一一心修行，也不想再管天庭诸事，辞去六御之位，命徒弟东极青华大帝顶替自己。

帝夋此时已经娶妻太阳星君羲和与太阴星君常曦，共生下七女四子。如今战事平息，四海升平，也到了自己入世重修的时机。

传令众神，选出新任天帝，治理天下。众人经多方访查，都觉得人间现任首领，轩辕的长子少昊玄嚣治理部落有方，可任天帝一职。