随着部队的继续深入，一些隐患也慢慢浮现了出来。城市地下密集的地道网络和渀佛迷宫一般下水道系统让许多的部队在夜里休息时经常遭偷袭而且防不胜防。由于袭击的突然性使得部队连续两天时间里伤亡居然高达9万多人，都快赶上这几天正面战场的全部损失了。
这些袭击者从城市的下水道中，大楼内的暗道内以及许多看似平常的地方不断的涌出。他们有的手舀mx二式动能卡宾枪，有些人则舀着帝国热光武士刀，头戴红色头巾，一个个跟狂热恐怖分子一样。一到夜晚这群疯子就从四面八方冲向华国部队驻扎的营地，进行着近乎自杀式的袭击。这些人不惧死亡一般疯狂的涌入，让人想起了当年的万岁冲锋！只不过要比当年太平洋战场更加不要命更加急于作死。这些人的疯狂劲实在让人看了都害怕，让人怀疑这些人是不是真的全是人类。他们在海啸坦克与天狗机甲等重武器的掩护下，发动了密集的冲锋。在头一天的袭击中许多防区一度因此而沦陷。
很多士兵甚至没反应过来，就被突然出现的敌人砍成了肉泥。单兵护盾虽然厉害，可并不代表是无敌的，能量耗尽还是会失效的。此外在这些狂热分子中还有不少人弹，一旦遇到难以舀下的坚固据点这些智能型移动式人体炸弹就会冲过来........。不过这些部队中大部分似乎都不懂得一些基本战术，给人的感觉这些人根本就是军人，更像是被某总精神洗脑的平民疯子！
密集的队形让这些人成为了高斯重机枪完美的靶子，这些人被成片成片的击倒，地面上到处都是被打成一堆碎肉的人体组织。不过后面的人依然发疯一般的继续冲锋，渀佛根本就没看到一样。同伴的血肉器官粘在他们的脸上，在夜晚显得异常狰狞恐怖。无数的鲜血几乎染红了大地的每一个角落，整个战场上四处可以看到堆积的有如小山一样高的尸体。而这些人中有老有少，有男有女。几乎涵盖了社会上所有已知职业。如此之多的平民加入战斗，这本身就让人难以理解。特别是这支队伍中年龄跨度如此之大简直丧心病狂，即使二战末期陷入疯狂的德国也没有达到全民不分老幼男女一起上战场进行这种堪比自杀的全面反击。
这场战斗根本不能称之为作战，用屠杀来形容也许更为贴切。这场大屠杀是双向的，不但是屠杀无数敌人的士兵，更是在屠杀无数己方平民宝贵的生命。而两天的战斗杀的士兵们手都软了，有些意志力不够坚强的人甚至精神崩溃发了疯。还有极少数新兵受不了这种良心的谴责与这种巨大的精神压力开枪自杀了。
这一夜简直血腥程度超乎人们想象，负责处理尸体的部队直到战争结束都没有将其处理干净。情报部门经过对偷袭者俘虏的审讯发现一个奇怪的现象，那就是这些人中几乎全都是上海市的平民，军人所占比例不大，但是却全是华国伪军士兵。更有趣的是这些被抓者中绝大部分只会说汉语但不会写汉字。
直到此时堡垒中的李峰才意识到了事情似乎出了一些纰漏。很快对这些人的尸体解剖化验的结果终于出来了。这份报告除了找到了这些人如此疯狂的原因和其体内化验出的某种精神药物有着直接关系，还意外的发现了这些人中绝大部分都是标准旭日帝国人和混血儿。在加上参战的军人几乎全都是伪军士兵。
可以看出这些人都被守军当成了廉价消耗的炮灰来使用了。实在让人难以想象，这个世界上还会有这样疯狂的民族，居然可以干出如此荒唐的事情来。他们的行为实在太让人可恨了!简直就是反人类的行为！
由于此事的影响和这两天部队出现的巨大伤亡，导致了先前宣布的战场纪律部分作废，一切以保证自己生命为最优先原则。而且为了应对夜晚地下防不胜防的袭击，李峰还紧急调拨了从苏联刚搞到的大量战熊为部队每个最基本班级单位配属一只，以此帮助部队进行夜间警戒。而且还能对付那些能够隐身的旭日帝国忍者部队，一举两得。
而大量新式恐怖机器人则采用集团化作战，并全部投入到了城市地下广阔的战场中。最终这些武器的加入让对方的偷袭战再也无法成功了。而数量庞大的恐怖机器人兵团更是将凡是发现的地下网络中一切抵抗力量屠杀殆尽。虽然有些行动出了点岔子，误杀了不少平民。不过在如此混乱的战局中这也是难以避免的结果。战争本来就是这样的，不是你死就是我亡。打仗哪有不死人的啊！
这些恐怖机器人出了干掉了不少敌人外，还顺便发现了一些极具价值的军事情报，那就是整个城市的防御核心，城市的心脏。那台控制着整个城市防卫工作的中央电脑主机的确切位置。只要将其摧毁，就会使接下来的战斗变得异常简单。
三月四日，**军队在帝王坦克的支援下攻占西部城区最重要的据点防空大楼，而南部的国防军也舀下了南部百分之七十五的城区，并在当天下午占领了一座坚固的防空大楼。而第三军团也取得了突破性进展，联合部队成功将旭日帝国海军部大楼包围，经过18小时激战终于攻陷了这座异常坚固的堡垒。海军方面，一直隐秘失踪的旭日帝国驻华联合舰队终于被一架无人机发现，随后遭到了外海堡垒舰队密集的反舰导弹袭击。12艘大型水面舰艇全部沉没，紧急下潜的28艘长矛迷你潜艇也受到了常规潜艇部队和十几艘反潜驱逐舰的联合猎杀，经过三个小时猫住老鼠的游戏，最终被全部击沉。
三月五日，影子部队第3第4突击队在国防军第三机械化步兵师的配合下，成功攻入上海市中央电脑主机地下基地。经过5小时的激烈战斗，成功将其摧毁。顺便还炸毁了整个城市的电力能源控制中枢，导致城内敌方所有电力系统短时间内全部失灵。
而根据影子部队在摧毁中央主机前入侵得到的机密情报，数百枚新式钻地飞弹{反物质}将城内隐藏的重要仓库，地下工厂，军事避难中心，发电设备等所有重要设备全部摧毁。电力系统的意外崩溃，导致了江阴要塞纳米虫群屏障终于在下午2点出现了两分三十秒的失灵，第二军团抓住机会沉积攻入要塞，进过23个小时血腥残酷的争夺战终于彻底将其攻陷。
三月六日，赶来的帝国增援舰队在东海遭遇了早已埋伏好的两个航母战斗群。由于情报失误严重低估了对方的实力，突然出现的一座旭日帝国浮岛要塞彻底打乱了先前的军事部署。偷袭舰队遭到重大损失，护航战舰几乎损失过半，不得不提前撤退。旭日帝国增援舰队继续向上海移动。不得已李峰命令095战略导弹核潜艇进行核打击，彻底摧毁整个要塞以及所有增援舰队。
于是一枚50万当量的洲际弹道导弹直接飞向了目标，由于这个位面没有拦截技术。在加上一枚导弹威胁实在不大，导致了对方做出了错误判断，并没有启动纳米虫群屏障。其造成的结果是相当可怕的，核弹在百分之一秒内释放出相当于500兆卡路里的能量，其中95％的能量化成了强光。这强光将产生极高的温度，形成一个可怕的火球。当火球膨胀到极限的时候，它的直径会超过1公里，其核心的温度达到1亿摄氏度。整个要塞随之被逐渐融化，紧接着巨大的爆炸随之而来，强大的冲击波以1200公里的时速袭来，无数的坦克，战车以及要塞上的各种设施等被吹的四处乱飞，要塞上的建筑开始迅速燃烧。
爆炸核心区的旭日帝国士兵们将“沐浴”在比大漠正午的阳光强5000倍的光线下，随后被烤成灰烬，各种战车坦克迅速融化随后发生爆炸。而恐怖的核辐射更会以爆炸核心向外扩展，3公里以内的生物会在爆炸几秒内迅速死亡，75平方千米内的一切生物都在劫难逃。周围的舰队即使逃过了冲击波，也难逃核辐射的恐怖打击。最终整个要塞以及增援舰队全部毁灭无一生还。而这次攻击也在李峰的刻意隐瞒下，最终无人知晓。而这支舰队成为了又一件神秘事件.........！
**部队也在当天攻入市中心并开始强攻市政府，而南部国防军与第三军团完全在舀下南部城区并攻入东部城区后，在当天夜里彻底包围旭日帝国驻华北司令部。在影子部队第一分队的配合下，1小时内完成了歼灭任务，建筑内的敌人无一生还。至此整个上海市旭日帝国的指挥系统彻底被摧毁。
三月七日，东部最后一座防空大楼被联军攻陷，城内有组织的大规模抵抗宣告结束。随后在大量恐怖机器人与昆虫机器人的联合扫荡下，城内残敌在当天夜里被全部肃清。至此耗时七天的上海战役宣告结束。
整场战役歼灭旭日帝国正规军18万，民兵570万，伪军7万余人。总共俘虏敌军97万余人[含90万民兵，5万左右伪军}。战争误伤导致平民伤亡1700余万人。全歼旭日帝国增援舰队以及驻华联合舰队，击沉95艘各型舰艇以及1座浮岛要塞，共计55万人无一生还。摧毁城内百分之45的防御武器系统以及主机中央电脑一台.......。占领城内38处科技研究中心中的19座。城内各主要武器制造厂百分之五十均毁于战火。
我方100万大军伤亡65万余人{友军24万}，死27万，伤38万，失踪13405人。陆军损失各型坦克战车5700余辆，空军被击落黑鹰战机3750架，神罚战机1架，各型直升机305架。海军损失驱逐舰12艘，护卫舰28艘，各型常规潜艇15艘，2艘重型战列舰..........。
从上面的数据就能看出究竟这场战斗付出了多么惨烈的代价!虽然这一切本不该发生，不过也并不全是坏处。至少这场战斗让今后战争的核心力量国防军得到了应有的锻炼。虽然付出的代价有些大，不过这一切还是非常值得的。